有性病感染的性伴侣没有得到有效的检查或治疗，导致再次感染性病。因此，对于性病患者的性伴侣即使没有症状，也应该进行检查或治疗。如果高度怀疑其已感染性病，即使没有症状或在实验室报告出来前，也应该先用药物治疗。在患病期间应该禁止性生活。

　实验室报告不及时或者不正确。正确及时的实验室检查报告，是临床医师作出正确诊断和治疗的重要依据，如果报告不及时或不准确，都会影响治疗方案的制定或愈后的判断，尤其是多种性病合并感染时。

　致病菌出现耐药性，所用抗生素无效。有些性病感染的病原微生物会发生变异，出现耐药菌株，因此，有条件的地方，都应该进行病原微生物的培养和药敏试验，以找出敏感抗生素。

　当性病患者被多种微生物感染时，没有联合应用针对多种特定病原微生物的药物。如只针对淋球菌用药，没有使用杀支原体、衣原体的药物，而导致病原体不能完全消灭。

　性病发生部位（如女性生殖器中）存在有利于微生物生长的条件，如放置节育环等，使得治疗难以彻底，容易复发。